ואז בחצי אלול, ועדיין היה רבנו ז"ל בעיר איסטנבול שבטורקיה, הכריזה טורקיה מלחמה נגד הצרפתים (כי מצרים הייתה תחת ממשלתם). וכאשר שמעו אנשי איסטנבול, שהמלחמה הנ"ל מתעוררת, והצרפתים הולכים ובאים על הים, אזי לא רצו קהילה קדישא של איסטנבול להניח שום יהודי לצאת מקיר העיר וחוצה לפרוש על הים. ורבנו ז"ל לא השגיח על זה ורצה להפקיר את עצמו. ואמר להאיש שהיה עמו, ר' יצחק: "תדע, שאני רוצה לסכן את עצמי אפילו בסכנות גדולות ועצומות, אך את נפשך איני רוצה להפקיר. בכן אם תרצה, קח לך מעות על הוצאות ושוב בשלום לביתך, ואני אסע לבדי בהעלם ובהסתר מאנשי איסטנבול, כי את עצמי אני מפקיר, יהיה איך שיהיה וכו'". ומאן ר' יצחק בזה ואמר לרבנו ז"ל: "במקום אשר יהיה שם אדוני – אם למוות אם לחיים, שם יהיה עבדיך, ובאשר תלך – אלך גם כן".
והשם יתברך ברחמיו מסבב סיבות, וסיבב סיבובים לטובה, שאחר יום או יומיים נשמע, היות שיושב שם באיסטנבול חכם גדול מירושלים (הוא היה הגאון המפורסם מורנו הרב רבי יום טוב אלגזי ז"ל בעל מחבר ספר "מהרי"ט אלגזי" על הלכות בכורות וחלה, שמצא בכתב יד מהרמב"ן ז"ל. והיה שד"ר בעבור עניי ירושלים וחברון, והיה איש אלוקי מאוד. וחזר אז בסוף תקנ"ח לארץ ישראל ונפטר בב' באדר תקס"ב, ומנוחתו כבוד בהר הזיתים). אשר קיבץ על יד נדבות בעבור עניי ירושלים עיר הקודש).
והיה בדעתו להתעכב שם עוד שנה אחת, ופתאום נתעורר ואמר לאנשי איסטנבול: "תדעו, שנתגלה לי, שאני מוכרח מיד לנסוע לירושלים, כי אני רואה, שהימים ממשמשים ובאין להסתלק מן העולם. ואתם אל תיראו את עם הצרפתים, ואין לכם לדאוג בעבור ישראל להתם, כי בוודאי לא יאונה להם שום הזק בעזרת השם. והשם יתברך ישמרם ברחמיו עד בואם לשם, כי כבר נרשם מקום קבורתי בירושלים".
ומיד שמעו לדבריו והלכו ושכרו מיד ספינה גדולה והכריזו, מי שרוצה לנסוע עם הספינה – יבוא. והלכו הרבה אנשים ונשים וטף, הן מאנשי ספרד והן מאנשי אשכנז. וגם רבנו ז"ל נכנס באותה הספינה כדי לנסוע עמה לארץ ישראל. ורבנו ז"ל המתיק סוד עם החכם ההוא, שיקח אותו לירושלים, כי אמר, שאינו רוצה להיות, לא בצפת ולא בטבריה.
יום ב' פרשת ניצבים, כ"ב באלול, התחילה הספינה לנסוע על ים התיכון. ותכף ומיד פרצה רוח סערה גדולה מאוד מאוד על הים. והייתה הספינה בסכנה גדולה, "יעלו שמים ירדו תהומות" (תהילים קז, כו) וכו', ולא הייתה עוד בלב איש מהם מחשבה להנצל מן המיתה, והיו צועקים כולם אל ה'. והיה לילה אחד כמו יום הכיפורים ממש, שהכל בוכים ומתוודים ומבקשים כפרה על נפשם. ואמרו סליחות ושאר דברי תפילות ותחנונים. ורבנו ז"ל היה יושב ודומם. והתחילו כמה אנשים לומר לו, מפני מה הוא שותק בעת צרה כזאת, ולא השיב. אך אשר הרב דקהילה קדושה חאטין, שהיתה מלומדת, ובכתה וצעקה כל הלילה והתחילה היא גם כן לומר לו כך, מפני מה הוא דומם. וכמדומה, שקילל אותה ואמר לה: "הלוואי הייתם שותקים גם אתם, היה טוב לפניכם. ובזאת תבחנו, אם אתם תשתקו – ישתוק הים מעליכם גם כן". וכן היה, ופסקו מלצעוק ושתקו, ואזי מיד כשהאיר היום, "יקם סערה לדממה ויחשו גליהם וישמחו" וגו'.
