לידתו:
רבי יוסף חיים זוננפלד נולד בו' כסליו תר"ט בעיירת וורבו שבסלובקיה, לאביו רבי אברהם שלמה בנו של רבי שמואל נאדאש שכיהן כרבה של העיר יארגן ותלמיד מובהק למרן החת"ם סופר זי"ע, ולאמו מרת זאלדע.
בהיותו בגיל חמש, התייתם מאביו ויחד עם אמו עבר לגור בעיירה סמינטץ, כשהיה בגיל 11 החל ללמוד אצל רבה של העיר רבי יהודה לייב לעפלער, שם למד עד הגיעו לגיל מצוות, אז עבר חזרה לעיירת הולדתו וורבו, ולמד אצל הגאון רבי חיים צבי מנהיימר, בגיל שש עשרה עבר לעיר הגדולה פרשבורג, שם למד בישיבתו של הכתב סופר זי"ע שהעריך מאוד את הנער המתמיד והמוכשר, וכתב עליו: "ובקרב ימים – במקום גדולים יעמוד ועמהם ימנה להפיץ טהרה ותורה בישראל, וכותרת התורה על ראשו".
נישואיו:
נשא לאשה את שרה, בתו של רבי שלמה זאלצער שוחט ובודק דקהילת קוברסדורף.
עלייתו לארץ ישראל:
בשנת תרל"ג עלה לארץ ישראל יחד עם מורו ורבו רבי אברהם שאג זי"ע שהיה תלמידו המובהק של החת"ם סופר זי"ע.
כשהגיע לחופי ארץ ישראל התקבל בשמחה ובכבוד גדול על ידי רבני ארץ ישראל ובראשם אב"ד ירושלים רבי שמואל סלנט זצוק"ל ועבר להתגורר בעיר העתיקה בירושלים.
מיד עם הגיעו לירושלים החל לעסוק בצרכי ציבור יחד עם הגאון הגדול רבי משה יהושע יהודה לייב דיסקין רבה של העיר העתיקה ייסד את שכונת 'בתי אנגרין' ואת 'בית הדין של החוגים היראים', כמו כן איחדו הם את שני הכוללים הוותיקים 'כולל ורשא' ו'כולל הונגריה' לכולל אחד גדול.
בשנת תרנ"ט מונה לראש כולל לאברכים 'אור חדש', בו למדו גדולי וצדיקי ירושלים, וכך התקבלה דמותו של רבי יוסף חיים כרבה של ירושלים, זאת בנוסף לשיעורים שמסר תמידין כסדרן בכולל 'שומרי החומות', ובבית מדרשו של הגאון רבי ישעיה ברדקי זצ"ל.
ייצג בכבוד את יהודי ירושלים אצל השלטונות וכשהגיעו מנהגי מדינות לבקר בירושלים היה רבי יוסף חיים עומד בראש העידה, כשבאופן קבוע היה מנהיגי המדינות מתרשמים מאוד מתואר פניו וחוכמתו הרבה.
פעילותו ברכישת קרקעות בארץ ישראל:
היה פעיל מאוד ברכישת קרקעות בירושלים מידי הערבים, קרקעות רבות שרכשה 'ועד כל הכוללים' שבה היה חבר ועסקה בפדיון הקרקעות נרשמו על שמו, כיון שהיה נתין אוסטרי, והחוק העות'מאני אפשר להם לקנות קרקעות בקלות.
היה ממקימי שכונת "שערי חסד" וכשהיה מבקר בה היה מפטיר בקורת רוח: "שמחה גדולה יש לי לבקר בשכונה זו, שנבנתה על טהרת הקודש, שכונה זו שלי היא, ויש לי חלק נכבד בהקמתה".
את הכסף להקמת שכונת בתי אונגרין (בה התגורר ברבות הימים כ"ק מוהרא"ש זי"ע עם הוריו), תרם הנדיב ר' יצחק צבי רצרסדרופר מאנטוורפן, סכום הכסף הספיק לקניית עשר דירות לטובת עניי ירושלים, רבי יוסף חיים שכנע את הנדיב לקנות בסכום זה מגרש עליו יוכלו להקים ברבות הימים מאות בתים לעניי ירושלים, הנדיב השתכנע ורכש את הקרקע עליה הוקמו כשלוש מאות דירות הנקראות "בתי אונגרין", ונקראת גם "נחלת צבי" על שמו של הנדיב. בנוסף רכש הנדיב 10 דירות בעיר העתיקה.
ייחסו לציונות:
היה מתנגד חריף לכל דבר שריח הציונות נדף ממנו, למרות שידולים רבים שקיבל מראשי הציונות והבטחות למשכורת מכובדת עם יודיע על תמיכה בציונות, דחה בתוקף את כל ההצעות והורה לכל שומעי לקחו להתרחק כמטחווי קשת מהציונות, וכתב בחריפות על מוסד ה'רבנות הראשית' שלדבריו: ""רואים אנו בזה סכנה עצומה והריסה לתורתנו הקדושה חס ושלום, וכל מי שישתתף בבחירה הזאת הרי הוא עובר בשאט נפש על חוקי ודיני תורתנו הקדושה".
במוסדות החינוך שתחת נשיאותו הורה שלא ללמוד בשפה העברית, כיוון שזה יוביל לחורבן החינוך החרדי, כמו כן התנגד ללימוד שפת האנגלית במוסדותיו, עם זאת תמיד התנהל בדרכי נועם ועורר את תלמידיו להתפלל שכל עם ישראל יחזרו בתשובה שלימה.
הביקור ביבנאל:
בשנת תרע"ד יצא יחד עם משלחת רבנים ל'מסע המושבות', שביקרה במושבות החדשות על מנת לקרבם להשם יתברך, ולהקים מוסדות חינוך על טהרת הקודש, במהלך המסע גילו הרבנים על כמה רחוקים העם בשדות משמירת תורה ומצוות, ומסופר שכשהגיע הרב זוננפלד ליבנאל יחד עם משלחת הרבנים, ביקש מהם אחד מתושבי יבנאל בדמעות שיסייעו לו בהקמת תלמוד תורה לילדי המושבה, והרבנים הבטיחו שיעשו ככל שלאל ידם לעזור, ואכן לאחר מכן במשך תקופה ארוכה נשלחו מלמדים מירושלים שלימדו את הילדים תורה ככל שיכלו ברוח הימים ההם.
ספריו:
שו"ת שלמת חיים", ביאור על החומש "חכמת חיים", שו"ת "תורת חיים", "תורת חיים" הנהגות ופסקים.
משפחתו:
מאשתו הראשונה מרת שרה נולדו לו שמונה בנים ושתי בנות, אשתו שרה נפטרה בשנת תרע"ט ורבי יוסף חיים נשא לאשה את מרת חיילא בתו של הגאון רבי מנדל דייטש.
פטירתו: בתחילת שנת תרצ"ב החל להיחלש, ולמרות זאת השתדל מאוד שלא ליפול למעמסה על אחרים ואף שמעו אותו מתפלל על כך רבות לפני הקב"ה. וביום י"ט אדר ב' שנת תרצ"ב הסתלק לבית עולמו זקן ושבע ימים, בצוואתו ביקש שלא לכתוב שום תואר על מצבתו, ובהספד לומר: "חבל על יהודי זקן מארץ ישראל". נטמן בהר הזיתים סמוך למקום מנוחתו של רבו המובהק רבי אברהם שאג זצ"ל.