את הקמת בית כנסת "היכל הקודש" יזמו תלמידי "היכל הקודש" בראשית שנת תשנ"ח, ובחנוכת בית המדרש השתתף כ"ק מוהרא"ש זי"ע.
סיפור מעניין מסופר על שמו של בית הכנסת, לאחר שנגיד גדול הגיע לראות את הפעילות במקום, והציע לממן בסכומים גדולים את הפעלת בית הכנסת בתמורה לשינוי השם מ"היכל הקודש" לשם אחר, כשפנו עם השאלה אל כ"ק מוהרא"ש זי"ע ענה ואמר: "אסור להחליף את השם הקדוש של בית המדרש, משום שכנגד כל בית הכנסת שנקרא "היכל הקודש" יש גם בשמים מרכז רוחני "היכל הקודש".
בתמונה נראה כ"ק מוהרא"ש זי"ע ב"קרן הדפסה והפצה היכל הקודש" סניף בני ברק ששכן ברחוב כהנמן, והיה מוקד גדול להדפסת והפצת ספרי רבנו ז"ל באזור המרכז. נראים הרב נסים בן דוד, והרב אברהם שושן נ"י.
