ר' ישראל ליפקין נולד בעיירה זאגורי שבמדינת ליטא, אביו היה תלמיד חכם גדול בשם רבי זאב ליפקין בעל מחבר הספר הגהות "בן אריה" על הש"ס והטור, כבר מגיל צעיר התבלט ר' ישראל בתור ילד מחונן וחריף, בגיל 12 הלך ללמוד תורה אצל רבי צבי ברוידא בעיר סלנט, שם הכיר גם את רבי יוסף זונדל מסלנט שהיה תלמיד בישיבתו רבי חיים מוולואז'ין, את רבי יוסף זונדל החשיב רבי ישראל בתור רבו המובהק.
התנהלותו של רבי יוסף זונדל הייתה פשטנית מאוד עם כל זאת רבי ישראל שם לב שתחת מעטה הפשטות מסתתרת דמות אצילת מידות ובעלת ידע תורני רחב היקף. כשהבחין רבי יוסף זונדל שהנער ישראל מתבונן בדרכיו אמר לו: "ישראל, למד מוסר ותהיה ירא שמים".
בגיל 14 נשא לאשה את ביתו של רבי יעקב הלוי אייזנשטיין זצ"ל שהיה מצאצאי השל"ה הקדוש.
אבי המוסר
רב ישראל סלנטר נודע בכינוי 'אבי המוסר' משום שהיה הולך מעיר לעיר ומכפר לכפר ומעודד את היהודים ללימוד תורת המוסר, לצורך שיפור ותיקון המידות, הוא הקים 'בתי מוסר' בכל רחבי ליטא, ולדרשותיו חוצבות הלהבות היו מגיעים המוני עמך בית ישראל, עניין החדרת המוסר בעם ישראל בערה בו משום מעשה נורא שהיה עד לו, בעיירה קטנה התגוררו שני סנדלרים שהיו מתפרנסים בדוחק מעמל כפם, ויהי היום אחד מהסנדלרים קנה כרטיס הגרלה וזכה בסכום כסף עצום, כמובן שכל חייו השתנו ללא הכר, הוא החל לחיות כגביר, בנה לעצמו טירת מלכים, ומשרתים עמדו הכן למלאות את כל מאוויו, עברו כסנדלר נשכח והוא נהיה ממכובדי הכפר, כשהגיע בתו לפרקה התדפקו על דלתו שדכנים רבים ובפיהם הצעות מכובדות ביותר, לאחר בירורים רבים נסגר שידוך עם בנו העילוי של רב תלמיד חכם מפורסם מעיר המחוז, עת החופה הגיע, החתן עומד שבידיו אוחזים המחותנים ובידיהם נרות, רעהו הסנדלר שנשאר בעניותו התקנא מאוד בחברו ששפר עליו גברו, וברגע מרגש זה שלף מתיקו נעל קרועה ניגש אל המחותן (הסנדלר לשעבר) ושאלו בקול: "אמור לי, ידידי הסנדלר, האם תוכל לתקן לי את נעל זו?"
הדם אזל מפניו של המחותן שאליו כוונה השאלה, לאחר רגע כממרא הוא קרס על הרצפה, רופא שהוזעק למקום נאלץ לקבוע את מותו בעקבות דום לב…
הרוחות סערו, סיפור שכזה לא מתרחש כל יום, כששמע רבי ישראל את הסיפור קיבל על עצמו להפיץ את תורת המוסר ללבם של עם ישראל ואמר: "אם יכול לקרות דבר כזה שאחד מחמת קנאתו הסרוחה יכול ללכת לבייש את הזולת ברבים, וכן להפך אדם ששומע את בזיונו ולא יכול להתאפק וחורה לו עד שנפטר, הגיע הזמן שאפרסם שיטת המוסר, שבני אדם יעבדו על מידותיהם, שאחד לא יבזה את השני, ולא יצער את הזולת, ואחד שמבזים אותו שיקבל את זה באהבה, ולא ייקח את זה ללב".
סיפורים מדהימים על ליבו הרחום
ישנם סיפורים מפעימים רבים סביב מידותיו וטוב ליבו של רבי ישראל נציג כמה מהם.
מסופר שפעם בא יהודי אל הגאון הקדוש רבי ישראל סלנטר זצ"ל, ואמר לו שאין לו רק חצי שעה ביום ללמוד, ושאל אותו מה יותר טוב ללמוד בחצי שעה הזו? ענה ואמר לו: בחצי שעה הזו תלמד מוסר. ושאל אותו היהודי: רבי, ומתי אלמד שולחן ערוך וגמרא וכו'? ענה ואמר לו הגאון: אם תלמד חצי שעה מוסר ביום, יתוודע לך שיש לך יותר מחצי שעה ביום.
וסיפר כ"ק מוהרא"ש זי"ע, שפעם הלך הצדיק הקדוש רבי ישראל סלנטר ז"ל לבית הכנסת באמצע החורף, וראה איזה יהודי שרבי ישראל ז"ל בא מרחוק, והחזיק את הדלת של הבית הכנסת פתוח לכבודו, וכשהגיע רבי ישראל ז"ל אל הפתח, במקום להודות לו, התחיל לצעוק עליו, "גנב, גזלן", כמובן אותו יהודי נבהל מאד והתחיל לבכות, כי לא ידע למה רבי ישראל ז"ל צועק עליו כך, וכשראה רבי ישראל ז"ל שההוא לא מבין, ענה ואמר לו, וכי אין אתה יודע שמחממים את בית הכנסת עם עצים, והעצים עולים הון תועפות, וברגע שפתחת את הדלת והשארת אותה פתוחה, כל הקור נכנס בפנים, וגרמת שיצטרכו עוד הרבה עצים לחמם את הבית הכנסת, נמצא שאתה גנבת וגזלת את כספי הקדש, ובשביל זה צעקתי "גנב וגזלן", וההוא קיבל את תוכחת רבי ישראל ז"ל, ומאותו היום והלאה היה נזהר מאד בדבר זה.
פעם הוזמן לסעודת מצווה בבית אחד מתלמידיו, בקובנה, והתלמיד שם לב שלצורך נטילת ידיים לסעודה השתמש רבי ישראל עם מעט מאוד מים, התפלא על כך התלמיד ושאל : "והרי יש הלכה פסוקה, שראוי להדר וליטול ידיים בשפע, מדוע הרב משתמש רק עם מעט מים", ענה לו ר' ישראל תשובה מאלפת : "מי שצריך לסחוב את הדליים הכבדים של המים מהבאר זה המשרתת שלך, וכי בשביל שאני אקיים מצוות בהידור, צריכה המשרתת לסבול?!"
"כל זמן שהנר דולק, אפשר לתקן."
פעם הלך ר' ישראל בשעת לילה מאוחרת שכל אנשי העיר כבר נמו את שנתם, ורק מהצריף של הסנדלר בצבץ מעט אור, הלך ר' ישראל את הסנדלר ושאל אותו: "רבי יהודי, מדוע אינך הולך לישון, לאגור כוח לקראת יום המחרת?" הצביע הסנדלר לעבר עששית השמן הקטנה שעמדה בצד והפיצה אור קלוש ואמר : "רבי, כל זמן שהנר דולק אפשר לתקן".
ר' ישראל התעורר מאוד ממשפטו של הסנדלר והיה מזכירו רבות בדרשותיו המפורסמות כשהוא מכוון זאת על ימי חייו של האדם שכל זמן שהוא חי הוא יכול לתקן ולשוב בתשובה שלימה.
הפצת תורה ויראת שמים
במשך חייו הקים ישיבות רבות ברחבי רוסיה, פולין, ליטא, ופריז, היה המוציא לאור של עלון "תבונה" בו היה כותב על חובת לימוד המוסר והיה מלמד את העם את דבר ה' זו הלכה.
מדרכו בעבודת המוסר נוסדו ישיבות מפורסמות שמחנכות את תלמידיהם בדרך זו, והם: ישיבת קלם, ישיבת נובהרדוק, וישיבת סלבודקה, ישיבות אלו קיימות עד עצם היום הזה.
משפחתו
לרבי ישראל היו ארבע בנים ושתי בנות
יום טוב, שהיה דוקטור מפורסם, ר' יצחק שכיהן כאב"ד יאנוב, בסוף ימיו עלה לירושלים וחיבר מספר ספרים. ר' אריה לייב שימש כאב"ד וחיבר ספרים, ר' שמואל, מלכה הינדה, הודה ליבה.
פטירתו
כשהיה בגיל שבעים נסע לצרפת והשתקע בעיר פריז, מתוך מטרה לחזק את היהדות במדינה, לאחר שנגע ההתבוללות פשה במקום ורבים מהצעירים נישאו לגויות בעקבות המצב הרוחני הירוד, במשך כשנתיים התגורר ר' ישראל בפריז והפיץ את היהדות בקרב תושבי העיר, ואף מינה רב אחד מתלמידיו, לאחר שנתיים הודיע בפתאומיות שהוא עוזב כשהפצירו בו להישאר אמר : "לא טוב למות בפריז".
הוא עבר לעיר קניגסברג שם כיהן המלבי"ם שבאותה התקופה עזב את העיר, בני העיר הפצירו ברבי ישראל לכהן פאר בעירם, והוא נענה להצעה, והתיישב במקום.
ר' ישראל החל להרגיש שכוחותיו עוזבים אותו הוא עוד הספיק לנסוע לערים: קובנה, וילנא ומינסק שם פגש את תלמידיו ומשפחתו ורווה רב נחת בראותו את מרכזי התורה והמוסר שבנה ברוב עמל כל ימי חייו פורחים ומשגשגים.
לאחר חזרתו לקינגסברג, נחלש מאוד ולאחר מספר חודשים בכ"ה שבט ה'תרמ"ג השיב את נשמתו לבוראה כשהוא בן שבעים ושלוש. ונטמן בעיר קינגסברג כיום קליננגרד ברוסיה.
תלמידיו:
רבי שמחה זיסל זיו, שנודע בכינוי "הסבא מקלם" והקים את ישיבת קלם, רבי נפתלי אמסטרדם, רבי יצחק מבלאזר רבה של העיר פטרבורג ומחבר הספר "אור ישראל" על רבי ישראל מסלנט ודרכו הקדושה.