אחר כך נפל הדבר, רחמנא ליצלן, בהחצר שהיה שם רבנו ז"ל, ונחלו ומתו כמה בני אדם. ועל כן היה מוכרח לברוח משם, והוכרח להיכנס באכסניה של ר' זאב הנ"ל. ועשה בעבורו סעודה גדולה. והיה הרב ר' זאב הנ"ל נוהג בו כבוד גדול מאוד מאוד בלי ערך. ורבנו ז"ל עשה אז כמה דברים, שהיו כנגד רצון ר' זאב הנ"ל, אך אף על פי כן אהבה מקלקלת השורה (בראשית רבה נה, י), ומעוצם האהבה לא הסתכל על זה כלל, אף על פי שהיו בעיניו פליאות גדולות; היינו כי בכל עת שהיה ר' זאב מתפלל לפני העמוד בשבת כדרך המפורסמים, רבנו ז"ל אכל אז, כי היה מתפלל מקודם, עד שבעת תפילתו של ר' זאב היה רבנו ז"ל אוכל סעודתו. כן בליל שבת ובשבת בשחרית ובסעודה שלישית. ובעת שישב ר' זאב להסעודה השלישית, כבר ברך רבנו ז"ל ברכת המזון, וציווה להאיש, שהיה עמו – ר' יצחק, שיסתכל אם יש כוכבים, והתפלל תכף ערבית והבדיל ולקח הלולקע (עישון), ונכנס לבית ר' זאב. והוא התחיל בסמוך הסעודה שלישית כדרך המפורסמים, ותכף כשנכנס רבנו ז"ל לשם בלי כובע עליון, בלי חגורה והלולקע בידו, תכף ומיד קיבלו ר' זאב בכבוד גדול, וברך מיד ברכת המזון, והתפלל ערבית והבדיל, ודיבר עם רבנו ז"ל כמעט כל הלילה, והייתה אהבה גדולה בניהם.
וכל מה שעבר על רבנו ז"ל באיסטנבול בגשמיות וברוחניות, תקצרנה המון יריעות, כי עשה שם כל מיני קטנות וכו'. והמובן מדבריו, שהיה שם בסכנה גדולה ועצומה, והיה סבור, שבוודאי יהיה נשאר שם, דהיינו שיסתלק שם. אך השם יתברך עשה עמו הרבה ניסים, ועבר על הכל. ואמר, שהקטנות הועילה לו מאוד.
אחר כך הלך לבקר את קבר הצדיק הקדוש רבי נפתלי כ"ץ, בעל מחבר ספר "סמיכת חכמים", שהיה איש נורא מאוד, שרצה לנסוע לארץ ישראל, אך לא עלתה בידו, כי בהגיעו לעיר איסטנבול נסתלק שם בכ"ו טבת תע"ט, ושם מנוחתו כבוד. ורבנו ז"ל היה אז על קברו הקדוש ועשה שם מה שעשה.
תכף ומיד כשחזר רבנו ז"ל מהקבר של ר' נפתלי כ"ץ, נפל פתאום על הארץ, ושכב שם כמה שעות. ואחר כך הניחו אותו על המיטה, ושכב שם כל הלילה עד למחרת חצי היום. והיה שוכב כמו שנגווע, עד שעזרו השם יתברך, שקם ממיטתו וחזר לאיתנו. (ויש אומרים, שאמר אז רבנו ז"ל, כי ר' נפתלי כ"ץ רצה, שרבנו ז"ל יקבר אצלו, "ווארום עס איז מיר דא עלנט" (בגלל שאני בודד פה).
ואז באותה העת הייתה מלחמה גדולה על הים. וביום כ"ח בסיון ניצח נפוליון הצרפתי את האנגלים ולכד האי מלטה בים התיכון. וביום י"ז בתמוז בא נפוליון אל ארץ מצרים, ולמחרתו ביום י"ח תמוז לכד את אלכסנדריה. וביום ח' באב כבש נפוליון את כל ארץ מצרים, וביום י"ט באב התגברו האנגלים על הצרפתים ועשו מלחמה בנילוס, ואיבדו את כל אוניות הצרפתים מלבד שתים.