ואחר יום או יומיים נשארה הספינה בלי מים, שראויין לשתיה, כי פסקו אצלם המים של שתייה שהיו על הספינה, ולא נשאר להם כי אם כלי אחד של מים סרוחים ועכורים, ותולעים מרחשים בהם. ואלו המים חילקו לאנשי הספינה במידה לאיש אקי (מידה) אחת. והייתה להם סכנה גדולה מהצימאון יותר מכל הסכנות. ואזי התפללו אנשים, נשים וטף מקירות ליבם. ונתעוררה עוד הפעם רוח סערה גדולה והביאה את הספינה אחר שני 'מעת לעת' לארץ הקדושה לנמל יפו המוליך לירושלים. ורצה רבנו ז"ל ליר שם מהספינה ללכת אל ירושלים עם החכם הנ"ל בצוותא חדא. אך מאת ה' הייתה זאת, שלא הניחוהו הישמעאלים, שייכנס אליהם, כי הסתכלו על מלבושיו ועל תואר פניו, שיש לו פאות ארוכות כנהוג במדינתנו, ושאינו יודע לשונם וכיוצא בזה. ואמרו, שבוודאי הוא אחד מהמרגלים של הצרפתים ולא הועילו שום דברי פיוס ובקשות.
ונשאר רבנו ז"ל על הספינה. והיה בדעת הקפיטן (הקברניט) להתעכב שם עם הספינה להיות עומד לפוש כמה ימים. ואז היה שני ימים קודם ראש השנה. אך הספינה לא יכלה לעמוד שם מחמת גלי הים, שרצו להפכה. ולא הועילה שום עצה ותחבולה לזה. והיה הדבר לפלא גדול בעיני הקפיטן. ושאל, מה זה ועל מה זה. והשיבו לו החכמים של הספרדים, שקבלה בידם איש מפי איש, שבזה המקום נשלך יונה בן אמיתי הנביא. ולא יכלה הספינה לעמוד שם באותו הלילה, והוכרחו לזוז עם הספינה משם. והלכו משם ובאו בערב ליל "זכור ברית" לעיר הקודש חיפה, ועמדו ליד הר הכרמל מול מערת אליהו. ובאשמורת הבוקר אמרו כל העם סליחות בשמחה גדולה, ואחר כך התפללו תפילת שחרית, ואחר כך ירדו כל האנשים ונשים וטף מהספינה אל תוך העיר.