לקראת חג השבועות קושטו כמיטב המסורת בתי הכנסת בעצים ופרחים מרהיבים על ידי ר' יצחק זרחיה הי"ו, אשר עיטר את בתי המדרש בפרחים חיים, כיד ה' הטובה עליו והתוצאה מדהימה ביותר.
במהלך הלילה הקדוש התקיימו מספר מקומות ללימוד 'תיקון ליל שבועות' כפי הסדר שהורה כ"ק מוהרא"ש זי"ע, אנ"ש למדו בבית הכנסת המרכזי, ובכולל 'אור המאיר', בחורי הישיבה התקבצו בהיכל 'כולל ההוראה', ולמדו בצוותא כשבאמצע הם זכו לשמוע דרשה מחזקת מראש הכולל הרה"ג ר' אברהם נאור שליט"א, ושרו יחד שירי התעלות ורגש ממעלת התורה הקדושה.
בכל המתחמים היה שפע גדול של שתיה חמה וקרה, פירות ומזונות לרווחת אנ"ש.
במהלך כל הלילה היה הציון הקדוש של כ"ק מוהרא"ש זי"ע היה מלא וגדוש באנשי שלומנו שהגיעו לשאת תפילה, לקראת עלות השחר הגיעו אנ"ש למקווה הטהרה המפואר להיטהר לקראת התפילה כפי שכתב רבנו ז"ל במעלת הטבילה בעלות השחר של חג השבועות, ולאחר מכן התקיימו מספר מניינים, המניין המרכזי בבית הכנסת הגדול, מניין בנוסח עדת תימן בקומה השלישית, מניין 'התאחדות האברכים' בבית הכנסת המרכזי, ומניין בציון כ"ק מוהרא"ש זי"ע. מניינים נוספים התקיימו בשעות מאוחרות יותר.
התפילות התקיימו בהתעלות גדולה, ובמיוחד באמירת נוסח האקדמות עם הניגון הידוע, עליו התבטא רבנו ז"ל כי: "יִּשְֹרָאֵל מֵחֲמַת שֶׁהֵם מְשֻׁקָּעִים וּרְגִילִים כָּל-כָּךְ בְּטוֹב עַל-כֵּן אֵין מַרְגִּישִׁין כָּל-כָּךְ אֶת שֶׁבַח מַעֲלַת גְּדֻלַּת הַשֶּׁבַח הַקָּדוֹשׁ הַזֶּה שֶׁל אַקְדָּמוּת שֶׁאוֹמְרִים בְּשָׁבוּעוֹת. וְאָמַר: מִי שֶׁיּוֹדֵעַ מַעֲלַת הַשִּׁיר שֶׁל אַקְדָּמוּת עִם הַנִּגּוּן שֶׁלּוֹ כְּמוֹ שֶׁרְגִילִין הָעוֹלָם לְזַמֵּר אוֹתוֹ בַּנִּגּוּן הַיָּדוּעַ הוּא דָּבָר נִפְלָא וְחִדּוּשׁ גָּדוֹל מְאֹד. וְהִתְחִיל לוֹמַר קְצָת אֵיזֶה תֵּבוֹת מֵאַקְדָּמוּת עִם הַנִּגּוּן. וְאָמַר שֶׁאַקְדָּמוּת הוּא שִׁיר שֶׁל חֵשֶׁק".
גלריה מרהיבה מהפרחים בבתי הכנסת "היכל הקודש".