לידתו:
רבי יצחק מאיר נולד לאביו רבי ישראל ואמו מרת חיה שרה רוטנברג, משפחת רוטנברג היא משפחת רבנים המיוחסת למהר"ם רוטנברג ולרש"י הקדוש.
רבי ישראל כיהן כרב בכפר מגינשוב בפולין והיה מחסידי רבי לוי יצחק מברדיטשוב זי"ע סנגורן של ישראל, ושל רבי רבי ישראל המגיד מקאזניץ זי"ע.
את השידוך של רבי ישראל עשה המגיד מקאזניץ שמרת חיה שרה הייתה קרובת משפחתו, המגיד הבטיח למרת חיה שרה כי אם תינשא לרבי ישראל, תזכה לבן שיאיר את העולם בקדושתו, ואכן לתקופת השנה נולד בן זכר ויקרא שמו בישראל יצחק מאיר, יצחק על שמו של רבי לוי יצחק שביקש זאת מרבי ישראל, דבר זה היה נדיר ביותר משום שלפי מנהג עדות אשכנז לא קוראים לילד על שם אדם שעדיין חי, וכאן על אף שרבי לוי יצחק היה בחיים הוא הורה לקרוא על שמו, השם מאיר ניתן על ההבטחה של המגיד שבן זה יאיר את העולם בקדושתו!
נישואיו:
בהיותו בן תשע שנים התארס עם מרת פייגא בתו של רבי משה ליפשיץ "חלפן" מעשירי העיר ווארשא, ובגיעו לגיל שלוש עשרה התקיימה בעיר ווארשא שמחת החתונה. ולהם נולדו שבעה עשר ילדים, למגינת לב שלושה עשר מהם נפטרו בילדותם, בנו ממשיך דרכו היה רבי אברהם מרדכי בעל "האמרי אמת" מגור, נכדו יהודה לייב בנו של רבי אברהם מרדכי שגם נפטר בצעירותו גדל והתחנך על ברכי הסב הגדול, וארבעה שנים לאחר פטירת סבו מילא את מקומו כמנהיג עדת גור, ונודע בקרב ישראל כ"שפת אמת מגור.
לימים החליף את שם משפחתו מרוטנברג לאלתר.
רבותיו:
כבר מצעירותו התבלט כבעל כישרונות מופלגים ונודע כ"עילוי מוורשא", את דרכו התורנית החל אצל הרה"ק רבי אריה לייב צינץ מפולצק זי"ע, וכאביו היה מקורב אל המגיד מקאזניץ זי"ע, ולאחר הסתלקותו לחיי עולם הבא התקרב לבנו רבי משה מקאזניץ זי"ע, לאחר מכן התקרב להרה"ק רבי שמחה בונים מפשיסחא זי"ע, שם היה לאחד מגדולי החסידים, סיפור מיוחד מסופר בהקשר לכך:
הנהגתו של הרה"ק מפשיסחא הייתה בדרך שונה מכפי שהיה מקובלת אצל רבו ה"חוזה", והייתה מאפיינת בהעמקה והתבוננות מעמיקה בכל מעשה רוחני, ולכן הייתה התנגדות רבה עליו ועל שיטתו, התנגדות זו הוכרעה בחתונה הגדולה של נכדו של זקן האדמורי"ם באותה התקופה הרבי מאפטה, שרבנו ז"ל הפליג בגדולתו.
בחתונה זו השתתפו כמאתיים אדמו"רים וקהל עצום של חסידים, ובאותו מעמד ביקשו לברר מהי שיטתו של רבי שמחה בונים, רבי שמחה לא חשש והתכונן להגיע, אולם תלמידו הגדול רבי מנחם מנדל מקוצק מנע זאת ממנו, מחשש לביזיון התורה, והצהיר כי ישכב על האדמה על מנת למנוע מהסוסים לקחת את הרבי לחתונה, במקום זאת הציע כי חמשה תלמידים מובחרים של הרבי ייסעו ויציגו את עמדת פשיסחא.
במהלך החתונה בנוכחות גדולי האדמורי"ם, הציג הרבי מאפטא קושיה חמורה, וסיפר כי מזה זמן רב הוא מתחבט בה, ושאל את הקהל העצום האם יש מישהו שיוכל לפתור את קושייתו? דממה השתררה בקהל, הקושיה אכן הייתה קשה ביותר, באותו רגע קם רבי יצחק מאיר (החידושי הרי"ם) ומגדולי תלמידיו של הרבי מפשיסחא, והציע תירוץ גאוני שיישב את הקושיה, כשמוע זאת הרבי מאפטא קרא לו וביקש לדעת מיהו, קרא רבי יצחק מאיר לחמשת חברי המשלחת והציג אותם לפני הרבי מאפטא, וסיפר כי הם הגיעו על מנת להציג את שיטת חסידות פאשיסחא, הרבי מאפטא כיבד מאוד את חברי המשלחת לאחר שנוכח לראות את גודל בקיאותם בתורה הקדושה, וכראות כל הנוכחים הרבים את הכבוד הרב שרוחש להם הרבי התבטלה כל ההתנגדות.
לאחר הסתלקות רבי שמחה בונים התקרב לתלמידו הגדול הצדיק הקדוש רבי מנחם מענדל מקאצק זי"ע, וקיבל את מרותו.
עמד בקשרי ידידות עם צדיקי הדור בינהם: הרה"ק רבי ישראל מרוזי'ן זי"ע, הרה"ק רבי חיים מצאנז זי"ע, הרה"ק רבי יצחק מוורקי זי"ע, הרה"ק רבי שלמה מראדומסאק זי"ע.
בהנהגת עדת חסידי גור:
לאחר פטירת הרבי מקאצק זי"ע עבר לעיירת גורא קלאווריה והחל להנהיג את עדתו – חסידות גור המעטירה, וחסידים רבים הסתופפו בצילו.
לבד מגדולתו העצומה בתורת החסידות והקבלה, נודע כאחד מגדולי פוסקי ההלכה בדורו, הרה"ק רבי חיים מצאנז בספרו הנודע "דברי חיים", מציין באחת מתשובותיו את הדבר. במשך שנים עמל על חיבור מקיף בחלק חושן משפט בשולחן ערוך וכשהיה מוכן לדפוס הורה לו רבו הרה"ק מקאצק לשרוף את הכתבים, מכיוון שאם יצאו לאור עולם יעזבו הלומדים את העיון בש"ך ויעסקו בספרו.
בצרכי ציבור למען יהודים:
עסק בצרכי ציבור באמונה ויחד עם רעהו הרה"ק רבי יצחק מוורקי זי"ע עסק רבות להקל את חיי היהודים שהתגוררו בפולין, לצורך כך נפגש רבות עם בכירי ממשל, כשהמושל איוואן פסקביץ גזר בשנת ה'תר"ו את גזירת הלבוש במהלכו נאסר על היהודים ללבוש את הבגדים המסורתיים, הצטרף לפסק ההלכה שהוציא הגאון הגדול רבי אברהם מצ'כנוב זי"ע, כי אסור להחליף את הבגדים היהודיים וכי הדבר נוגע ב'יהרג ובל יעבור'! המסורת מספרת כי עקב התנגדותו העיקשת הוא נאסר, ושוחרר רק לאחר הפגנות רחוב המוניות של חסידיו שקראו לשחרורו המידי, פשרה שהושגה בין השלטונות הייתה כי היהודים ילבשו דאשקיל (מעין כובע מצחייה), חליפה ארוכה עם שסע, וגרביים בתוך מכנסיים ארוכות, כידוע כך לבושם של חסידי גור עד עצם היום הזה.
אהבת ישראל:
ידוע היה רבנו באהבתו לכל יהודי, פעם אחת ביום השנה לפטירת אמו בקש מנאמן ביתו ר' יאקל פרומן, שידאג למניין מצומצם לתפילת שחרית רק עשרה איש, אחרי שהכניס רבי יאקל לחדר עשרה אנשים ניסה אברך להיכנס לחדר בכוח וכמה שהסביר לו רבי יאקל שרבנו בקש במפורש אך ורק עשרה איש לא הועיל אותו אדם ניסה להיכנס בכוח ומנע מרבי יאקל לסגור הדלת, עד שרבי יאקל איבד עשתונות סטר לאותו אדם השליכו מהדלת ונעל, משהגיע שעת מנחה שוב קרא רבי יאקל למניין כשהוא מצרף את עצמו, ונכנס לומר לרבי שהמניין מוכן, נכנס הרבי לחדר, ואמר, רבי יאקל נדמה לי שחסר אדם אחד, רבי יאקל ספר שוב ואמר לרבנו כי יש מנין, שאלו רבנו עם הוא צרף את עצמו, ענהו רבי יאקל שכן, שאלו רבנו איך זה יתכן לצרף אותך למניין הרי היום הכית יהודי!
פטירתו:
קרה ונפלה על רגלו דלת כבדה וגרמה לפצע קשה, ונסע לגור שם טפלו בו רופאיו אך ללא הועיל מצבו נהיה גרוע יותר ויותר עד בוא היום המר והנמהר כ"ג אדר תרכ"ו בו נפטר ה"חידושי הרי"ם" ונטמן בבית החיים בעיר גור בפולין, לצידו נטמן גם נכדו ה"שפת אמת" מגור.
ספריו:
שו"ת הרי"ם
חידושי הרי"ם, על הש"ס
חידושי הרי"ם, על שו"ע חושן משפט
חידושי הרי"ם, על מס' שבועות ושו"ע אבן העזר
חידושי הרי"ם, על התורה ומועדים
ספר הזכות
ילדיו:
כאמור נולדו לרבנו שבע עשר ילדים אשר שלשה עשר מתוכם נפטרו בהיותם ילדים.
רבי אברהם מרדכי אלתר בעל האמרי אמת
מרת צינא פעסל אשת רבי בנימין אליעזר יוסטמן
מרת הדס אשת רבי שמואל זיינוויל ברודר
מרת אסתר אשת רבי ישראל מביאלה